يقوم الهيكل التنظيمي للأكاديمية على عدد من المستويات الأساسية:
مجلس الأمناء: ويقوم بالمساهمة في وضع الخطط والسياسات وتقديم الأفكار والمقترحات الخاصة بتطوير العمل بالمؤسسة.
مجلس الإدارة: يقوم بالمهام الإدارية والتنظيمية ذات الصلة بنشاطات الأكاديمية وتمثيل الأكاديمية في مواجهة الغير، ويضم 3 أعضاء، ويجتمع دورياً لوضع السياسات والخطط التشغيلية للمؤسسة.
المجلس الاستشاري: ويضم مجموعة من الخبراء والأكاديميين المهتمين بنشاط الأكاديمية، ويجتمع المجلس بشكل غير دوري، لمناقشة الجوانب التنظيمية والعلمية، كما يشارك أعضاؤه في فعاليات وبرامج الأكاديمية.
رئيس الأكاديمية: يقوم على رئاسة المؤسسة، مؤسسها الأستاذ الدكتور/ عصام عبد الشافي، أستاذ العلوم السياسية والعلاقات الدولية.
مدير الأكاديمية: يقوم على الجوانب التنظيمية والإدارية وتسيير مهام العمل اليومية.
الهيئة العلمية: وتضم نحو 460 أكاديمياً وخبيراً من نحو 60 دولة حول العالم، يشاركون نظامياً أو عن بعد في برامج ونشاطات وفعاليات الأكاديمية.
الوحدات الأساسية: وتشمل:
إدارة التدريب والتأهيل
إدارة الدبلومات المهنية والتعليم المستمر
إدارة التعليم الجامعي
إدارة الدراسات العليا.
الوحدات المساعدة: وتشمل الإدارات الخدمية والمساندة:
